准確來說，不是整個富士山都不屬於政府，僅僅是一部分山頂的區域是屬於私人擁有的，而這和這座山的歷史是有著直接關系的。
日本人“心中”的神山
富士山被譽為是日本的神山，也是該國境內的最高山峰。作為目前世界最大的活火山之一，它的火山活動直到現在為止還在進行，只不過整個火山暫時處於休眠狀態而已，而且這裏的風景十分秀麗，每年都會吸引大量的遊客前往旅遊。
只要有外國的遊客來到日本，一般都會特意去富士山看一看，欣賞欣賞這座山峰的美景。理論上這座山脈作為日本的一部分，應該由日本政府所有，不應該有任何的私人勢力乾涉所有權，但是因為歷史原因，在日本國內有著較高影響力的大淺間神社卻“擁有”著從海拔3360米以上的山峰。
歷史因素帶來的糾紛
而至於其中原因，還要說到在日本江戶時期的著名軍閥德川家康，他是日本戰國三傑之一，也憑借著一己之力最終建立了德川幕府，他的家族控制了日本很長一段時間。
在德川幕府時期，他們家族的本封地就包含了現在日本的三河以及信濃南部的廣大地區，那麼位於遠江東邊的富士山，也就成為了德川家康家族土地的一部分。而作為軍閥，他為了能夠鞏固自己的統治，就把富士山這座日本人心中的神山歸為了自己所有。
德川家族的行為一度引起了整個日本民間的不滿，所以為了能夠平息憤怒，他們決定把神山的上半部分的所有權劃歸給本來就建設在富士山附近的大淺間神社，該神社也是為了鎮壓富士山而專門建設的，供奉的是著名的火山神。德川家族就是通過這樣的手段和宗教勢力達成了和解，從而平息了民眾的憤怒。
所以從德川幕府時期，富士山的上半部分就已經屬於淺間神社了，並且也一直延續到了現在。直到19世紀中葉，明治天皇開始明治維新，並且發動了全國土地國有化運動。在改革中有一項政策就說，所有宗教勢力的土地也同樣是國有財產，這讓當時的日本政府一度獲得了對於整個富士山的所有權。
而在二戰結束以後，日本的多項政策被更改，原先天皇時期的一系列政策大多都被推翻，其中也包括了土地國有化。
——這讓淺間神社看到了收回富士山所有權的可能，再加上他們在山上也確實建立了一系列的宗教設施，他們對這些宗教設施是擁有著絕對所有權的，所以淺間神社隨後向法院提出了上訴，並且訴訟還得到了民間的支持。
新上任的日本政府為了能夠盡快鞏固政權，並且平息民間的憤怒，也開始把一些原有的財產還給了在土地國有化運動中受到損傷的宗教勢力，所以大淺間神社也再一次獲得了對於富士山的所有權。
其實對於當時的日本政府來說，在旅遊業尚且沒有發展起來的情況下，有沒有富士山的所有權是完全無所謂的，反正這裏也收不上錢。
直到後來，隨著日本對外開放程度不斷增加以及第三產業的迅速發展，這讓日本成為了不少外國人旅遊的第一選擇，那麼富士山這座日本人心中的精神象征，供奉火山神的神山，也自然成為了不少外國遊客青睞的對象。而富士山旅遊業的迅速發展，也可以給日本帶來一筆收入。
但是在富士山旅遊業快速發展的過程中，擁有這座山峰上半部分所有權的大淺間神社，卻沒有獲得什麼實際上的利益，所以神社的神官們開始和日本政府打官司。
而日本民間也支持神官們的訴求，畢竟不管是從法律還是從歷史的角度上來看，富士山確實有一部分是屬於大淺間神社的，那麼在當地開發旅遊業也應該要獲得神社的許可，旅遊產業的收入自然也有神社的一部分。
只是日本政府顯然不願意放棄富士山旅遊業所帶來的經濟收入，所以最後在一系列的協商之下，日本政府迫於壓力無奈地同意，由政府每年出資向淺間神社提交一筆租金，獲得富士山的使用權。