近幾年來，從事水產養殖的規模越來越大，養殖環境也存在惡化的趨勢，水產品的疾害也越來越頻繁，極大的抑制了水產養殖的產量和發展。抗生素作為飼料添加劑在很早就開始運用，在抑制病原微生物的繁殖，減少毒素對動物的危害方面起到了很大的作用。但長期使用抗生素，對動物的胃腸道正常菌群和免疫力產生了不良的影響，出現耐藥和藥物殘留等副作用，給養殖的動物和消費者的健康帶來了潛在的危害。
一、水產養殖中經常會用到的抗生素
1、紅黴素
紅黴素的特點是可以補充青黴素的作用，對各類有害菌均有強大抑制作用。在水產養殖方面，對魚類的爛鰓病、及腎臟病有著不錯的療效。食用後經肝臟代謝，大量長時間使用時，增加肝臟負擔，可引起肝臟損害，出現黃疸等問題。
2、鹽酸多西環素
這類抗生素的抗菌譜與四環素、土黴素大致相同。主要用於細菌引起的上呼吸道感染炎症，也用於支原體肺炎等。它是含鈣、鎂、鐵等金屬離子的藥物，可以形成不溶性混合物，使吸收減少。此藥的半衰期與正常情況下沒有顯著區別，如果肝功能不是很好的情況下則應慎重使用。
3、青黴素鈉
青黴素是抗菌素的一種，它的菌液分子青黴烷能破壞細菌的細胞壁起到阻止細菌細胞繁殖，也是一種能夠治療人類疾病的抗生素。青黴素適用於革蘭氏陽性敏感細菌所致的各種疾病：如豬丹毒、炭疽、放線菌病、馬腺疫、牛腎盂腎炎、肺炎、敗血症等，但如果是畜禽腎功能減退或心功能不全使用後會產生不良後果。
4、氟苯尼考
這是一種獸醫專用的抗菌藥，尤其對呼吸系統感染及腸道感染有顯著療效。氟苯尼考最初是用於水產養殖，治療魚類的假核性巴氏桿菌及鏈球菌病。氟苯尼考的作用機制與氯黴素差不多，遇到金屬陽離子，會產生不溶性物質。水產動物一般用量為10~15mg/kg，此藥的刺激性比較大，最好是一天分兩次使用，三天為一個療程，如果是蝦蟹腸道短，可適量加大用藥量，副作用不明顯。
以上就是介紹了幾種比較常見的抗生素，雖然有很好的治療作用，如果不規範使用也會產生很大的危害。瑞典是禁止抗生素飼料添加最早的國家，歐盟也在2006年全面停止飼料中添加抗生素。
1998年底，歐盟委員會頒布了抗生素在畜禽飼料中作為生長促進劑使用的禁令，禁令自1999年7月1日起生效。歐盟將最終對所有現存抗生素進行評估並重新登記，使用由美國FDA和歐盟相關機構的標準評估每種藥物的效價和安全性。
二、微生態製劑是如何產生治療作用
1、微生態製劑的藥學原理
目前微生態製劑已在飼料、農業、保健、食品等領域發揮著重要的作用。它是根據微生態學的原理，由經過標準篩選的微生物群中的有益菌株組合形成。通過對免疫系統的刺激，調節動物體內的生態平衡，拮抗致病微生物，降解養殖過程中有機廢物等來達到提高免疫力、抗病、促生長和凈化水質等作用，從而替代抗生素藥品的使用，減少副作用。微生態製劑的使用符合可持續發展的需要，也是實現綠色產業、促進水產養殖業發展的健康有效途徑。
2、微生態失衡就會產生疾病
養殖水域微生物態系統是存在水域養殖對象體內和體外的有益微生物、條件致病微生物和病原微生物與其相對應的水生生態環境所構成的一種動態平衡體系。不同種類的微生物群體相互影響和制約，一類微生物群體的消漲會影響到另一類群體的微生物數量發生變化。這些微生物和宿主處於動態平衡時，二者能夠互不干涉，保持健康，不會發生疾病；然而一旦微生物失調，就可能導致感染，微生態失衡出現疾病。
3、養殖生態環境的微生態調節過程
在養殖初期的池塘里生物量少，有機物質不多，溶氧里充足，有機物在微生物分解作用下產生的二氧化碳、水、磷酸鹽等無機鹽類為單細胞藻類的光合作用提供了營養鹽，又為養殖動物的呼吸和有機物的氧貨分解提供溶解氧，並為養殖動物的生長營造良好的水體，這時池塘就可以保持良性的生態平衡狀態。
隨著養殖時間增加，池塘中的有機物越來越多，而在池塘的底部光合作用微弱有機物的氧化分解很快就消耗掉了水中的氧氣，使得厭氧性的微生物大量生長，產生氨、有機酸、胺類、硫化氫等有害物質，使養殖動物中毒。
添加有益微生物後，由於需氧微生物與厭氧微生物共棲，當需氧微生物消耗盡了周圍環境中的氧，便為厭氧微生物的生長創造了良好的環境。經過好氧細菌與厭氧微生物的協同作用，加快了有機物的分解速度，可以把進入水體的大量有機物質快速而徹底地分解掉，減少有機物在池底的沉積，達到改善生態環境的目的。
三、微生態製劑來替代抗生素的使用
微生態製劑又稱益生菌、利生菌、活菌製劑，是指在微生態理論下採用已知的有益微生物，經培養、復壯、發酵等工藝製成的對人和動物有益的生物製劑或活菌製劑，有的還含有代謝產物和有益菌的生長促進因子，具有維持動物的微生態平衡，調整其微生態失調和提高健康水平的功能。對建立良好的水域環境，促進健康養殖起到重要的作用，在一定程度上可以替代抗生素。
目前用作微生態製劑的微生物主要有：乳酸菌、芽孢桿菌、酵母菌、放線菌、光合細菌等幾大類。
美國使用微生物有40多種，年使用量約為8000噸以上；法國使用的微生物品種也不低於50種；日本年使用量在1000噸以上。我國對於益生菌的開發利用起步較晚，但起點高，發展較快，目前年使用量也在1000噸左右。